Esse termo é utilizado para expressar quando alguém faz algo contra você, e você irá continuar com rancor por causa disso. Quer dizer que você não irá esquecer, ou que irá se vingar, afinal, quem costuma perdoar as pessoas é Deus, e não você.
Essa frase geralmente é seguida de alguma atitude que você irá fazer, para mostrar que não perdoou, como:
Quem perdoa é Deus, já eu vou vou anotando tudo.
Quem perdoa é Deus, eu jogo é na cara mesmo.
Quem perdoa é Deus, a Internet não.